MUNICIPIA no está concebido como una ventanilla de subvenciones para la cooperación municipal, sino como un instrumento articulador de las estrategias de gobernabilidad municipal y del conjunto de los recursos financieros, tecnológicos y humanos de los diversos agentes de la cooperación municipal. Se elabora una Programación  conjunta con los actores involucrados en las distintas acciones, en base a las líneas de trabajo del programa y a los países prioritarios, teniendo presente la estrategia de gobernabilidad democrática de la cooperación española y los procesos de descentralización  de los países socios y sus políticas nacionales de desarrollo territorial.

El capital aportado por MUNICIPIA funciona como un capital semilla aportado por la AECID al cual se añaden las aportaciones presupuestarias de las instituciones que estén interesadas en participar, de forma que pueda alcanzarse la viabilidad financiera de las propuestas y la sostenibilidad. Se pretende con ello multiplicar el efecto de la intervención de la cooperación en su conjunto y para ello se realizan  consultas valorativas a las oficinas de cooperación técnica española en los países socios.

Una vez finalizada la programación conjunta, se determina la propuesta de programación y resolución de subvención, por la cual se concede la cantidad solicitada para el proyecto a un actor en terreno que ha de estar avalado por un certificado de la OTC  la cual garantiza su solvencia jurídica y financiera. Además, a ésta resolución se acompaña un marco de colaboración conjunta (memorándum de entendimiento, convenio...) entre la entidad solicitante española y la contraparte en terreno, en el que se desglosen los compromisos que cada una adquiere para el desarrollo del proyecto y se define el seguimiento del proyecto con la participación de las OTCs.